Zanim bogowie zmiotą ludzkość z powierzchni ziemi, postanawiają dać jej ostatnią szansę na wykazanie się w walce. Ragnarok zdecyduje, czy ludzie zasługują na przetrwanie.
Samotny chłopiec, który umie panować nad grawitacją, wyrusza w ekscytującą podróż na pokładzie statku Edens Zero, aby spotkać legendarną boginię kosmosu znaną jako Matka.
Inteligentny i sympatyczny licealista Shūichi bardzo pilnie chroni swoją tajemnicę. Niespodziewanie jednak ryzykuje i używa mocy, aby uratować dziewczynę.
Nieśmiała Natsu po przebudzeniu dowiaduje się, że należy do grupy wybrańców, którzy mają zapewnić ciągłość rasy ludzkiej. Razem muszą przetrwać na odmienionej Ziemi.
Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...