Zanim bogowie zmiotą ludzkość z powierzchni ziemi, postanawiają dać jej ostatnią szansę na wykazanie się w walce. Ragnarok zdecyduje, czy ludzie zasługują na przetrwanie.
Samotny chłopiec, który umie panować nad grawitacją, wyrusza w ekscytującą podróż na pokładzie statku Edens Zero, aby spotkać legendarną boginię kosmosu znaną jako Matka.
Inteligentny i sympatyczny licealista Shūichi bardzo pilnie chroni swoją tajemnicę. Niespodziewanie jednak ryzykuje i używa mocy, aby uratować dziewczynę.
Nieśmiała Natsu po przebudzeniu dowiaduje się, że należy do grupy wybrańców, którzy mają zapewnić ciągłość rasy ludzkiej. Razem muszą przetrwać na odmienionej Ziemi.