Zanim bogowie zmiotą ludzkość z powierzchni ziemi, postanawiają dać jej ostatnią szansę na wykazanie się w walce. Ragnarok zdecyduje, czy ludzie zasługują na przetrwanie.
Samotny chłopiec, który umie panować nad grawitacją, wyrusza w ekscytującą podróż na pokładzie statku Edens Zero, aby spotkać legendarną boginię kosmosu znaną jako Matka.
Inteligentny i sympatyczny licealista Shūichi bardzo pilnie chroni swoją tajemnicę. Niespodziewanie jednak ryzykuje i używa mocy, aby uratować dziewczynę.
Nieśmiała Natsu po przebudzeniu dowiaduje się, że należy do grupy wybrańców, którzy mają zapewnić ciągłość rasy ludzkiej. Razem muszą przetrwać na odmienionej Ziemi.
Dziadek Aoi Tsubaki zaciągnął długi u demona Oodanny. By je spłacić dziewczyna zostaje porwana do innego wymiaru i rozpoczyna pracę w karczmie wierzyciela.