16-letnia Shizuku Mizutani jest jedną z najlepszych uczennic w szkole, a jej świat kręci się wyłącznie wokół nauki. Pewnego dnia zostaje oddelegowana przez jedną z nauczycielek, by dostarczyć materiały z lekcji Haru Yoshidzie. Chłopak, znany ze swojej porywczości, już pierwszego dnia szkoły wdał się w bójkę, przez co został tymczasowo zawieszony. Boją się go zarówno uczniowie, jak i nauczyciele i nikt nie ma odwagi przekonać go do powrotu. Ku zaskoczeniu wszystkich, wizyta Shizuku sprawia, że Haru zmienia zdanie i postanawia wrócić do szkoły. Dziewczynę zaś, ku jej niezadowoleniu, uznaje za swoją nową przyjaciółkę i od tej pory nie odstępuje jej na krok.
Młody mężczyzna w poszukiwaniu wrażeń wprowadza się do tokijskiej dzielnicy Ikebukuro. Odkrywa tam tajemniczy świat, w którym przeszłość splata się z teraźniejszością.
Główną bohaterką serialu jest 18-letnia wielbicielka meduz Tsukimi Kurashita. Dziewczyna przeprowadza się do Tokio, aby zostać ilustratorką. Wprowadza się do Amamizu-kan, apartamentu zamieszkałego przez same dziewczyny, w którym panuje zasada "facetom wstęp wzbroniony". Pewnego razu, podczas wizyty w sklepie zoologicznym, bohaterka spostrzega, że w akwarium z jej ulubioną meduzą Clarą jest jeszcze jedna, która jej zagraża. Problem pomaga jej rozwiązać piękna nieznajoma, dzięki której Tsukimi zabiera meduzę do domu. Nieznajoma wprasza się do apartamentu Tsukimi i postanawia przenocować. Rankiem gość okazuje się kimś zupełnie innym, niż początkowo sądziła...