Kiedy wybuch w fabryce doprowadza do zatrzymania czasu w miasteczku, 14-letni Masamune próbuje odnaleźć swoje miejsce w szybko rozpadającej się rzeczywistości.
W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
Reki, licealista i skater, jest uzależniony od ściśle tajnych i niebezpiecznych zawodów w zjeździe na deskorolce, które odbywają się w opuszczonej kopalni.
Rozpieszczonego Kuna czekają wielkie zmiany: w jego rodzinie pojawia się młodsza siostrzyczka – Mirai, na której koncentruje się uwaga rodziców. Niedługo potem chłopiec odkrywa tajemniczy ogród, w którym przenosi się w czasie i spotyka starszą wersję siostry.
Tsubasa Oozora rozpoczyna piłkarską karierę i walczy o spełnienie swoich największych marzeń, w tym występ na mistrzostwach świata z reprezentacją Japonii.
Tajemniczy samotnik Killy szukający genu sieciowego trafia do zagrożonej wioski i zgadza się pomóc w realizacji planu, który może uratować jej mieszkańców.
Stacja Aragane zostaje zniszczona przez agresywne nieumarłe istoty znane jako Kabane. Grupa ocalałych wyrusza pancernym pociągiem w poszukiwaniu nowego schronienia.