Nastoletni Adam wyrusza w poszukiwaniu swojego ojca. Podczas swojej wyprawy dowiaduje się, że jest potomkiem Yeti.

Członków Tajemniczej Spółki okrzyknięto bohaterami miasta Coolsville. Na ich cześć zostaje zorganizowana impreza, podczas której dochodzi do ataku potworów.

Fabularnie "Dzieci Diuny" łączy w sobie wątki z drugiego i trzeciego tomu cyklu: "Mesjasza Diuny" i "Dzieci Diuny". Tematem filmu jest walka Paula Atrydy z zakonem Bene Gesserit, który nie potrafi kontrolować Muad'Diba, a także wydarzenia, które miały miejsce po odejściu Paula na pustynię, kiedy rozpoczęła się Ekologiczna Transformacja Diuny, a na Arrakis pojawił się tajemniczy starzec zwany Kaznodzieją.