Akuto Sai wstępuje do magicznej akademii, aby stać się największym czarodziejem w kraju.

10-letnia Hana "Hatchin" Morenos mieszka ze swoją przybraną rodziną. Jest traktowana bardziej jak służba domowa niż kochane dziecko. Maltretowana i bita pokornie znosi swój los, który wkrótce zmieni się, gdy w jej życiu pojawi się Michiko Malandro. Michiko, piękna uciekinierka z więzienia, twierdzi, że jest bliską znajomą ojca Hatchin, Hiroshiego Morenos, a dziewczynka dowodem na to, że Hiroshi nie zginął w przed wielu laty w pewnym zamachu. Kobieta siłą zabiera niedowierzającą dziewczynkę na poszukiwania mężczyzny uznanego oficjalnie za zmarłego. Od tej pory zaczyna się równie szalona co niebezpieczna podróż obu dziewczyn.

Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...