10-letnia Hana "Hatchin" Morenos mieszka ze swoją przybraną rodziną. Jest traktowana bardziej jak służba domowa niż kochane dziecko. Maltretowana i bita pokornie znosi swój los, który wkrótce zmieni się, gdy w jej życiu pojawi się Michiko Malandro. Michiko, piękna uciekinierka z więzienia, twierdzi, że jest bliską znajomą ojca Hatchin, Hiroshiego Morenos, a dziewczynka dowodem na to, że Hiroshi nie zginął w przed wielu laty w pewnym zamachu. Kobieta siłą zabiera niedowierzającą dziewczynkę na poszukiwania mężczyzny uznanego oficjalnie za zmarłego. Od tej pory zaczyna się równie szalona co niebezpieczna podróż obu dziewczyn.
Nastoletni Lelouch otrzymuje moc zwaną Geass, dzięki której wymusza posłuszeństwo na każdym, kto spojrzy mu w oczy. Chłopak postanawia wykorzystać dar, by zniszczyć obecne imperium i stworzyć nowy, lepszy świat.
Pomiędzy Unią, a Deague toczy się wieloletnia wojna międzygwiezdna. Ralph to wyjątkowo zdolny pilot mecha typu Strain walczący po stronie Unii, którego umiejętności są stawiane za wzór kandydatom na nowych pilotów. Młodsza siostra Ralpha, 16-letnia Sara pragnie zostać pilotem i przyłączyć się do walki u boku brata. Pewnego dnia Deague atakuje obóz treningowy Sary, a na czele napastników stoi nie kto inny jak sam Ralph. Sara postanawia za wszelką cenę odnaleźć brata i dowiedzieć się dlaczego zdradził Unię i przyłączył się do wroga.
Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...