Men in Black zawsze chronili Ziemię przed szumowinami z innych planet. Tym razem zmierzą się z największym globalnym zagrożeniem w historii – w ich organizacji jest... wtyczka.

Muppety ponownie się jednoczą i dają na scenie popis swoich talentów, by uzbierać środki niezbędne do uratowania starego teatru.

Agent J przywraca byłemu partnerowi pamięć, by ten pomógł mu powstrzymać najeźdźcę z kosmosu.

Robot Johnny 5 przeprowadza się do miasta. Wkrótce budzi zainteresowanie bandytów, którzy mają względem niego niecne zamiary.