Animowany film opowiada o przyjaźni między Optimusem Prime a Megatronem, która przerodziła się we wrogość, oraz o początkach wojny między Autobotami a Deceptikonami.
Ekranizacja popularnej serii komiksów o obdarzonych nadnaturalnymi zdolnościami mutantach. Schronienie przed prześladowaniami ze strony ludzi znajdują w specjalnej szkole profesora Charlesa Xaviera.