Globalna agencja szpiegowska Cytadela upada, do czego przyczynia się nowa organizacja - Mantykora. Pamięć agentów zostaje wymazana, ale czy mimo to będą w stanie stanąć do walki?
Dzięki przełomowej technologii Callum Lynch doświadcza przygód swojego przodka, asasyna Aguilara, żyjącego w XV-wiecznej Hiszpanii. Wkrótce podejmuje walkę z potężnymi templariuszami.