Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii. 

 Robert, młody milicjant "z zasadami", wpada na trop seryjnego mordercy gejów. W toku śledztwa poznaje Arka. Postanawia wykorzystać go jako informatora, nie zdając sobie sprawy, jak bardzo ta relacja wpłynie nie tylko na jego pracę, ale także życie osobiste.

Zbuntowana nastolatka, której ojciec zginął w wypadku na budowie, musi sama pojechać do Irlandii, aby sprowadzić ciało taty do Polski.

Kiedy z poznańskiego Muzeum Narodowego znika cenny obraz, trójka dzieciaków postanawia odnaleźć dzieło sztuki i schwytać złodzieja.

Sielankowe życie Sikory i "Blachy" zakłóca sprawa dotycząca brutalnych morderstw, którą prowadzi córka jednego z nich. Mężczyźni, bojąc się o swoje dzieci, ponownie łączą siły.

Pracujący za granicą Adam niespodziewanie wraca do rodzinnego domu na Boże Narodzenie. Nikt z krewnych nie spodziewa się, jak wielki wpływ na ich życie będą miały dalsze wydarzenia wigilijnej nocy.

Młody piłkarz rywalizuje ze swoim dawnym przyjacielem, zarówno na boisku, jak również o względy pięknej dziewczyny.

Nauczyciel historii Kacper dowiaduje się, że traci wzrok. By zachować pracę i doprowadzić swoją klasę do matury, postanawia ukryć problemy przed otoczeniem.

Dziennikarz Piotr Grodecki odkrywa spisek na wysoką skalę, a sprawa jest bardziej zawiła, niż myślał.

Trzech warszawskich maturzystów, Alek, Zośka i Rudy, planuje rozpocząć dorosłe życie. Ich plany burzy wybuch II wojny światowej.