Piętnastoletnia zawodowa wiedźma, Kowata Makoto, opuściła Yokohamę wraz ze swoim kotem Chito, by zamieszkać u rodziny w pięknym, otoczonym dziewiczymi terenami mieście Aomori.

Drużyna Karasuno walczy o zwycięstwo w letnich mistrzostwach szkół średnich.

Na poddanym terraformacji Marsie grupa młodocianych żołnierzy buntuje się przeciwko dorosłym, którzy ich zdradzili, oraz przeciw opresyjnemu ziemskiemu rządowi.

Król Demonów wraz ze swoim sługą trafia do współczesnego Tokio. Pozbawieni magicznych mocy rozpoczynają życie pośród zwykłych śmiertelników.

Użytkownicy tytułowej gry zostają w niej uwięzieni. Kirito postanawia uwolnić wszystkich z wirtualnej pułapki.