Po pokonaniu Majin Buu na Ziemię powraca pokój. Jednak w odległej galaktyce pojawia się nowe zagrożenie – przebudzony bóg zniszczenia, Beerus.

Kudou Taiki jest chłopcem, który nigdy nie odmawia pomocy innym. W wyniku niezwykłego splotu wydarzeń, spotyka umierającego stworka - Shoutmona. Wyrażając chęć uratowania digimona, Taiki, wraz z dwójką znajomych zostaje przeniesiony do krainy zwanej Cyfrowym Światem. Na miejscu dowiaduje się, że został mianowany generałem i ma poprowadzić do walki armię digimonów. Jednak nie jest jedyną osobą o takim tytule, a jakby tego było mało nieznana kraina stoi w obliczu kryzysu jakimi są działania Imperium Bagra, które chce doprowadzić do przejęcia władzy nad alternatywnym światem.