Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.

Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...