Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.
Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...
Inuyasha, Kagome, Miroku, Sango, Shippo i Kirara pokonują wspólnymi siłami ich odwiecznego wroga - Naraku. Ich życie zaczyna wreszcie wracać do normy. Czarna Dziura w dłoni Miroku znika. Sango odnajduje Kohaku, który cierpi na amnestię. Śmierć Naraku powoduje także odzyskanie serca i wolności przez jego potomkinię - Kagurę. Lecz ta nie jest zadowolona i błąka się wraz z swoją siostrą, Kanną. Dzięki lustrze Kanny, nawiązują kontakt z Księżniczką Niebios - Kaguyą Hime, zapieczętowaną w Lustrze Życia przez Miyatsu. Ta obiecuje, że w zamian za dostarczenie pięciu przedmiotów: Togi z Ognistego Szczura, Kamiennego Kubka Buddy, Klejnotu Hourai, Klejnotu Smoka i Muszli; pokaże im prawdziwą wolność i spełni ich życzenie. Kagura wraz z Kanną zdobywają wszystkie elementy i wrzucają je do pięciu jezior Fuji. Powoduje to uwolnienie mocy Kaguyii Hime, która potrzebuje już tylko jednego elementu - Togi Niebios, która ostatecznie zerwie zaklęcie i uwolni ją z Lustra Życia. Toga znajduje się w posiadaniu Houjyou Akitoki, który przyłącza się do ekipy Inuyashy i planuje wrzucić cenną materię do wnętrza góry Fuji. Niestety, Kagome zostaje porwana przez Kaguyę i uwięziona w Zamku Iluzji. Inuyasha z towarzyszami ruszają jej na pomoc. Hime odbiera swoją Togę Niebios i pieczęć zostaje zerwana... Przed Inuyashą jest ciężka walka - Księżniczka Niebios wykorzystuje jego chęć stania się prawdziwym Youkai i próbuje pozbawić go człowieczeństwa, a w rezultacie i dobra...
Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...
Inuyasha kontynuuje walkę o Klejnot Shikon, razem z Kagome, Shippo, Sango i Miroku. Niestety odłamek klejnotu przywołuje do życia wcielenie demona uwięzionego kiedyś przez ojca Inuyashy. Inuyasha musi w zdolnościach przewyższyć swojego ojca i tym samym zniszczyć demona. Jeżeli mu się nie uda, każda dusza w Japonii zostanie pochłonięta.