Wrocław, 22 maja 1963 roku. Łucja Winter – doświadczona oficer wywiadu – wraca z niebezpiecznej misji w Indiach, której cel jest owiany głęboką tajemnicą. Gdy wydaje się, że wszystko zakończy się sukcesem, w mieście wybucha epidemia ospy prawdziwej. Wrocław staje się miastem zamkniętym, w którym rozpoczyna się walka ze śmiertelnie groźnym i niewidzialnym przeciwnikiem. "Czarna śmierć" to historia, w której thriller medyczny w przenika się z pełną tajemnic opowieścią szpiegowską. Z jednej strony grupa lekarzy pod wodzą młodej i ambitnej Weroniki Przybysz (Anna Karczmarczyk) toczy heroiczną walkę ze śmiertelną chorobą, z drugiej prowadzone jest – przez dziennikarza lokalnej gazety Igora Bielika (Tomasz Ziętek) – śledztwo, które ma na celu wyjaśnienie tajemnicy pojawienia się ospy prawdziwej we Wrocławiu i ustalenie, kto był pacjentem zero. To opowieść o poświęceniu, pokonywaniu trudności, o lekarzach, którzy ryzykując własne zdrowie i życie walczą o życie pacjentów. To także historia o narastającej potrzebie wolności i prawdy, która jest silniejsza niż strach przed komunistyczną opresją. W serialu nie zabraknie humoru i dowcipu – mimo lęku przed chorobą ludzie we Wrocławiu musieli żyć i normalnie funkcjonować. Okazało się bowiem, że gdy w odciętym od świata miastem zaczęli rządzić lekarze, szybko skończyły się kolejki, towarów przestało brakować, a PRL-owska szarzyzna zaczęła nabierać powoli kolorów. Paradoksalnie, zamknięcie miasta przyniosło jego mieszkańcom powiew wolności i normalności, którego wcześniej tak bardzo brakowało. "Czarna śmierć" to historia inspirowana prawdziwymi wydarzeniami, które rozegrały się we Wrocławiu latem 1963 roku. Główna bohaterka serialu – Weronika Przybysz –wzorowana jest na doktor Alicji Surowiec, która za swoją postawę w trakcie epidemii ospy otrzymała tytuł Polki Roku 1963. Kierowała ona utworzonym specjalnie na potrzeby leczenia osób chorych na ospę szpitalem w miejscowości Szczodre k. Wrocławia i urządzonym tam izolatorium, mając – prócz siebie – do dyspozycji jedynie dwóch lekarzy. Mimo braku właściwych narzędzi, lekarstw, braku osób, opiekowała się śmiertelnie chorymi do ostatniego dnia epidemii.
W spokojnych okolicach Augustowa zaczyna grasować seryjny morderca. Gdy lokalni śledczy stają przed niezwykle trudnym zadaniem rozwikłania zagadki morderstw, komisarz Karol Nadzieja zaprasza do współpracy doświadczoną profilerkę – Julię Wigier.
Rok 1943. Gdy Aleksander Peczerski trafia do obozu w Sobiborze zdaje sobie sprawę, że jedyną szansą na przeżycie jest ucieczka. Wkrótce staje się dowódcą obozowego buntu.
Kazik rodzi się w tym samym dniu, gdy Kazimierz Deyna strzela gola podczas meczu z Portugalią. Wbrew nadziejom rodziny chłopak nie ma jednak talentu do piłki nożnej.
Siedemnastoletni ministrant Boguś Kowalski obudził się pewnego dnia i uznał, że komunikat, jaki chciałby wysłać światu zawiera się w zwrocie "fuck off", który tatuuje sobie na czole. Kiedy demolowanie budek telefonicznych i samochodów na blokowisku nie zmniejsza wściekłości, zwraca się o pomoc do "autorytetów": księdza, nauczyciela polskiego i matki, wielbicielki Krzysztofa Krawczyka. Jednak nie są oni w stanie zmniejszyć jego frustracji. Na drodze Bogusia staje również rodzeństwo: Monika i Emil, poruszający się na wózku inwalidzkim. Fascynuje ich radykalizm brata. Emil, chcąc przezwyciężyć własne ograniczenia, przyłącza się do Bogusia. Po raz pierwszy, za sprawą Moniki, Boguś zaczyna odczuwać coś innego niż tylko wściekłość.