Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie "zepsutego" księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast "Kopiujący ninja" i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.
Rodzice Thora i Raia zostają zamordowani, a oni sami zesłani na obcą planetę. W nowym otoczeniu chłopcy toczą walkę o przetrwanie, wierząc, że kiedyś powrócą do domu.