Kafka od małego pragnął zostać członkiem Sił Obronnych i walczyć z potworami. Kiedy przypadkowo sam zyskuje zdolność przekształcania się, postanawia spełnić swoje marzenie.
W 2024 roku ruiny Japonii zamieszkują surrealistyczne potwory, a ocalali ludzie walczą o przetrwanie. Kiruko postanawia spełnić ostatnie życzenie tajemniczej umierającej kobiety, by zabrać jej syna Maru do miejsca zwanego Niebem.
Nastolatek Makoto Misumi zostaje przeniesiony do fantastycznego świata przez boginię, która zamierza uczynić go swoim wojownikiem. Kiedy jednak staje przed jej obliczem, okazuje się, że chłopak nie spełnia obowiązujących standardów urody, co skutkuje wygnaniem go na pustkowie i daje początek niebezpiecznej wędrówce Makoto.