Nudne życie pracowniczki biurowej Kobayashi zmienia się, gdy po pijanemu ratuje smoka Tohru, który przybiera kobiecą postać i zostaje jej służącą.

Gracz Momonga zostaje uwięziony w grze MMO. Kierowany ambicją postanawia zawładnąć wirtualnym światem.

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.