Zespół NCIS na Hawajach bada przestępstwa o wysokiej stawce, związane między innymi z działaniami wojskowymi, bezpieczeństwem narodowym i wieloma innymi tajemnicami rajskich wysp.
Najbardziej poszukiwany przestępca świata oddaje się w ręce stróżów prawa i obiecuje pomóc schwytać dawnych wspólników. Warunkiem jest możliwość współpracy z wybraną przez siebie, początkującą agentką FBI.