Gdy Atsushiego Nakajimę wyrzucono z sierocińca, został bez jedzenia i dachu nad głową. Przypadkowo ratuje człowieka o nazwisku Dazai, który w nagrodę wciela go do tajnej agencji.
Życie młodego Naoty ulega radykalnej zmianie, gdy na swojej drodze spotyka tajemniczą Haruko, kosmiczną łowczynię nagród uzbrojoną w elektryczną gitarę.
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.
Kolejny wróg czarodziejek - Cyrk Martwego Księżyca przybywa do Tokio, by złapać ukrywającego się w ludzkich marzeniach Pegaza i zawładnąć Złotym Kryształem.