W opustoszałym, opanowanym przez bańki, nękanym anomaliami grawitacyjnymi Tokio młody człowiek spotyka tajemniczą dziewczynę. Ich znajomość jest brzemienna w skutki.
Grupa zdesperowanych uchodźców chce powrócić na Ziemię 20 000 lat po tym, jak zawładnęła nią Godzilla. Jednak jednemu z nich zależy przede wszystkim na zemście.
Mieszkająca na wsi nastoletnia Mitsuha Miyamizu oraz uczeń tokijskiego liceum, Taki Tachibana, budzą się pewnego poranka w nieznanych sobie pokojach. Wkrótce odkrywają, że ich ciała również nie należą do nich.