Kontynuacja wydarzeń z pierwszego sezonu Made in Abyss. Do podróżujących na dno Otchłani Riko i Rega dołącza Nanachi. Po przebyciu znajdującego się na piątej warstwie Oceanu Zwłok trafiają do placówki badawczej, gdzie swą siedzibę ma Bondrewd zwany Suwerenem Brzasku.

Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.

Ciężko ranny mężczyzna budzi się, pod obcym dachem, jego twarz skrywa maska, której ani on ani nikt inny ściągnąć nie może. Od ludzi z wioski dowiaduje się, że został znaleziony i uratowany przez starszą wioski. Wkrótce tajemniczy przybysz stanie na czele powstania, mającego na celu obalenie władzy tyrana terroryzującego mieszkańców wioski.