Zanieczyszczenia środowiska zbudziły Dagahra, potwora będącego zbyt potężnym nawet dla Mothry. Trójka dzieci wyrusza w podróż wraz z kapłankami Mothry. Jej celem jest odnalezienie zaginionego skarbu Nilai Kinai, starożytnej pochłoniętej przez morze cywilizacji.  Tylko odnalezienie zaginionego skarbu może powstrzymać pogorszenie środowiska planety i pokonać Dagahra.

Naukowcy próbują zbudować destruktor tlenu, by zabić Godzillę. Podczas badań nad nową bronią powstaje inny potwór, który zaczyna siać zniszczenie.