Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...
Potomek Jonathana Joeastara, zwący się Jotaro Kujo, wyrusza do Egiptu, by uratować życie swojej matki, jak i pokonać tego, który czyha na krew jego rodziny.