Himura stawia czoła Shishio Makoto - działającemu niegdyś z polecenia władz zabójcy, który pragnie zemścić się na obecnym rządzie, doprowadzając do jego upadku.

Trzynastu samurajów otrzymuje misję zabicia brata shoguna, który chce zdestabilizować wątły pokój panujący w feudalnej Japonii.