W roku 1879 Kenshin musi zmierzyć się z wrogiem silniejszym niż wszyscy poprzedni. To jego pałający żądzą zemsty były szwagier - Enishi Yukishiro.

Himura stawia czoła Shishio Makoto - działającemu niegdyś z polecenia władz zabójcy, który pragnie zemścić się na obecnym rządzie, doprowadzając do jego upadku.

Trzynastu samurajów otrzymuje misję zabicia brata shoguna, który chce zdestabilizować wątły pokój panujący w feudalnej Japonii.

Do małego miasteczka Yuta przybywa samotny rewolwerowiec, aby powstrzymać trwającą wojnę klanów.