Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.

Grupa nastolatków przenosi się do wirtualnego wymiaru, gdzie poznaje stwory zwane Digimonami. Razem z nimi walczą ze złem zagrażającemu światu.