Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...

Nastoletni Lelouch otrzymuje moc zwaną Geass, dzięki której wymusza posłuszeństwo na każdym, kto spojrzy mu w oczy. Chłopak postanawia wykorzystać dar, by zniszczyć obecne imperium i stworzyć nowy, lepszy świat.