Serial kontynuuje historie znaną z sunbowow'skiej wersji wyświetlanej w latach 1985-86 oraz filmu "G.I. Joe: The movie" opartej na niezwykle popularnej wówczas serii zabawek.
Ponownie naprzeciwko siebie stają więc dwie drużyny - amerykański oddział specjalny - G.I. Joe oraz Cobra - organizacja terrorystyczna dążąca do przejęcia władzy nad światem, dowodzona przez bezwzględnego i tajemniczego Komandora Cobrę.
Dziesiątki niezwykłych postaci i pojazdów walczących w powietrzu, na wodzie i lądzie w przeróżnych miejscach globu zawładnęły wyobraźnią najmłodszych amerykańskich widzów na dwa sezony.