Rok 2071. We wczesnych latach 50. XXI wieku, zespół naukowców, chcąc rozwiązać światowy problem niedoboru energii elektrycznej, tworzy nowy organizm zwany "Oracle Cell" - komórki zdolne do natychmiastowej reprodukcji, szybko adaptujące się w środowisku. Uczeni jednak nie przewidzieli, że komórki te również mogą ewoluować. Mija blisko dwadzieścia lat, życie na Ziemi chyli się ku upadkowi. Aragami, jak nazwano niespotykane wcześniej istoty, zdają się być niepokonane. Aby przetrwać wojnę stworzono żołnierza o nazwie "God Eater" - zdolnego je unicestwić. Młody chłopak, który zdołał przeżyć, zostaje "pożeraczem bogów". Staje się on częścią większego projektu - "Aegis", mającego na celu uchronienie ludzkości przed zagładą.