"Kyle XY" to historia nastoletniego chłopaka, który pewnego dnia budzi się nagi w lesie. Podczas samotnej wędrówki po centrum pobliskiego miasta zostaje zatrzymany przez policję. Chłopiec nic nie pamięta, nie potrafi nawet mówić. Jest bezbronny jak małe dziecko. Zostaje wysłany do ośrodka dla nastolatków, gdzie dostaje imię Kyle. Gdy u Kyle'a zauważono brak pępka, dyrektor ośrodka kontaktuje się z psychologiem - Nicole Trager. Postanawia ona zabrać go do swojego domu. Chłopak prezentuje niezwykłe zdolności, których nikt nie jest w stanie wyjaśnić. W trakcie badań tomograficznych okazuje się, że mózg Kyle'a wykorzystuje 100% swoich możliwości. Rodzina Tragerów myśli, że z każdym dniem poznaje coraz lepiej Kyle'a. Jednakże tajemnica go otaczająca dopiero zaczyna się ujawniać.

Kyle XY opowiada o chłopaku, który wygląda jak nastolatek ale pod względem umysłowym zachowuje się jak dziecko, które dopiero poznaje świat w którym żyje. Młodego 'przybysza' przygarnia rodzina Tragerów.

Nastoletni chłopak samotnie wędrujący po centrum miasta zostaje zatrzymany. Nie ma imienia, przeszłości. Wydaje się być bezbronny jak dziecko, nie potrafi mówić. Spogląda na świat jakby pierwszy raz w życiu go widział. Zostaje wysłany przez policję do ośrodka dla nastolatków. Nadano mu tam imię Kyle. Jest oczywiste, że Kyle jest inny niż wszyscy, ale kiedy zauważono u niego brak pępka, dyrektor ośrodka postanawia zadzwonić do psychologa. Jest nim życzliwa pani psycholog Nicole Trager. Nicole wyczuwa coś specjalnego w Kylu, dlatego postanawia zabrać go do swojego domu. Jej decyzja nie zachwyca reszty członków rodziny. Zadomowienie się w domu Tragerów nie jest proste. Jest tyle rzeczy, o których Kyle nie ma pojęcia. Pomimo tego prezentuje on niezwykłe zdolności, których nikt nie jest w stanie wyjaśnić. Jego talenty są tylko zalążkiem całej tajemnicy, z każdą chwilą nasuwają się nowe pytania: Kim jest Kyle? Skąd pochodzi? Kim jest człowiek, który go śledzi? Każdego dnia Kyle odkrywa coś nowego... muzykę, ładną dziewczynę z sąsiedztwa, smak imprezy, niebezpieczeństwo, kłamstwo, zazdrość, poczucie humoru, kontakt z inna osobą, zaufanie, miłość. Rodzina Tragerów myśli, że z każdym dnie poznaje coraz lepiej Kyla. Jednakże tajemnica otaczająca Kyle dopiero zaczyna się ujawniać.

Kyle budzi sie w środku lasu bez jakichkolwiek wspomnień z przeszłości. Nie wie kim jest ani jak sie znalazł w lesie. Zostaje przygarnięty przez rodzinę Tragerów. Nicole Trager, która jest psychologiem ma nadzieję odblokować pamieć Kyle'a.

"Kyle XY" jest opowieścią o tajemnicy, ale również o miłości, którą obdarzamy najbliższych.

Pewien chłopiec budzi się nagi i sam jak palec w lesie. Oblany jest dziwnym, gęstym płynem. Gdy nastolatek dochodzi do miasta, zatrzymuje go policja i odwozi do ośrodka dla młodzieży. Tam przychodzi do niego pani psycholog. Gdy dowiaduje się, że nie ma pępka, nie umie mówić i nic nie pamięta ze swojego wcześniejszego życia, postanawia poobserwować go trochę dłużej i zabiera do swojego domu. Początkowo domownicy nie zgadzają się na to, ale z dnia na dzień odrywają, że Kyle, bo tak dali mu na imię, potrafi być świetnym przyjacielem. Chłopak poznaje coraz to nowe zachowania, uczucia, zaczynając od wrogości, a kończąc na miłości. W między czasie wokół Kyle'a mnożą się tajemnice...

Kyle to wyjątkowy chłopak w wieku kilkunastu lat. Jego przeszłość owiana jest tajemnicą. Jedyne wydarzenie, które pamięta, to przebudzenie w lesie położonym nieopodal Seattle. Niczego nieświadomy, błąka się nago po mieście, wskutek czego zostaje schwytany przez policję. Okazuje się, że nie potrafi mówić i nawet najprostsze czynności sprawiają mu kłopot. Co więcej, na jego brzuchu nie widać najmniejszego śladu pępka. Wkrótce zainteresowanie osamotnionym Kylem okazuje Nicole Trager - niezwykle opiekuńcza terapeutka, która postanawia zabrać go do siebie i zagwarantować mu życie ze swoją rodziną. Dzięki umiejętności naśladowania innych, chłopak szybko uczy się, jak zachowywać się w poszczególnych sytuacjach. Dopiero teraz Nicole zaczyna zdawać sobie sprawę, że ma pod swym dachem prawdziwego geniusza, dla którego nawet najtrudniejsze zadanie matematyczne nie stanowi problemu.