Ciemną stroną umysłu nazywamy obszar ludzkiego mózgu, który przez większość ludzi pozostaje niewykorzystany. To właśnie tam swoje źródło mają wyjątkowe moce, jakimi obdarzeni są jedynie nieliczni - moce paranormalne, przez niektórych uważane za bujdę.
"Night Head Genesis" opowiada o losach dwóch braci, obdarzonych specyficznymi umiejętnościami. Starszy z nich (Naoto) posługuje się telekinezą, młodszy zaś (Naoya) za sprawą dotyku potrafi czytać w myślach i emocjach innych ludzi. Z podobnymi zdolnościami ciężko jest wieść normalne życie, zwłaszcza, gdy jest się jeszcze dzieckiem. Stanowi to ogromną trudność zarówno dla "nosiciela", jak i dla jego otoczenia. Z tego właśnie powodu rodzice głównych bohaterów, nie mogąc poradzić sobie z wychowaniem własnych dzieci, oddają je do specjalnego zakładu, zajmującego się ludźmi takimi jak Naoto i Naoya.
Akcja właściwa serii rozpoczyna się w chwili ucieczki braci z wymienionego wyżej instytutu. Po latach spędzonych w odizolowaniu od świata zewnętrznego muszą teraz, jako dorośli już ludzie, odnaleźć się w nowej dla nich rzeczywistości - wolnej, ale pełnej niebezpieczeństw...