Anime opowiada o Mireille Bouquet, która jest jednym z najlepszych płatnych morderców w Paryżu. Pewnego dnia ktoś przysyła jej wiadomość, która okazuje się prośbą o spotkanie. Mireille nie jest raczej tym zainteresowana, ale po chwili słyszy muzykę, którą wcześniej wysłuchała podczas śmierci swoich rodziców. Później, w Japonii, Mireille spotyka się z nieznajomą, od której się dowiaduje, że obudziła się w domu, gdzie wcześniej znalazła tylko legitymację, szkolny mundurek, pistolet oraz zegarek należący do ojca Mireille. Jedyne, co utkwiło w jej pamięci, to to, że należy do Noir (grupa płatnych zabójców). Po chwili zostaje zaatakowana przez obcych mężczyzn. Wtedy okazuje się, że jakimś cudem potrafi strzelać z pistoletu i bezinteresownie zabijać. Wiedząc tak mało o sobie postanawia poprosić Mireille o pomoc w poznaniu swojej przeszłości. Tak zaczyna się historia opowiadająca o duecie Noir.
Mireille Bouquet jest jedną z najlepszych płatnych zabójców na świecie. Pewnego dnia otrzymuje pocztę elektroniczną od dziewczyny imieniem Kirika. Dziewczyna oferuje naszej bohaterce wspólną podróż po przeszłości, załącza też melodię, która w boahterce budzi niemiłe wspomnienia. Mirelle postanawia przystać na propozycję dziewczyny...