Akcja tego anime rozgrywa się w erze Meiji. Opowiada historię wędrowca imieniem Himura Kenshin, znanego wcześniej jako "Hitokiri Battousai" ("Krwawa Klinga"), który po zakończeniu wojny postanawia odkupić swoje grzechy wiodąc spokojne życie i pomagając tym, którzy są w potrzebie. Po przybyciu do Tokyo poznaje dziewczynę, imieniem Kamiya Kaoru, która prowadzi małe dojo. Kaoru ma poważne kłopoty - jej dojo świeci pustkami, ponieważ po okolicy grasuje zabójca. Kenshin postanawia pomóc dziewczynie i pokonuje mordercę. Pomimo tego, że Kaoru dowiaduje się o przeszłości Kenshina, oferuje mu swoją gościnę ponieważ zauważa jego łagodną naturę. Kenshin akceptuje jej  ofertę, co jest początkiem dla wielu ciekawych przygód dla niego i innych bohaterów.