Jest rok 2356. 189 lat po wybuchu odległej supernowej, która zabiła 99% ludności świata, ludzkość buduje w całym Układzie Słonecznym kolosalne stacje kosmiczne zwane "fundamentami", aby obserwować aktywność w całej przestrzeni kosmicznej. Po zdaniu egzaminów wstępnych na Akademii Kosmicznej, Shima Katase wyrusza na ziemską placówkę fundacji Stellvia, by spełnić swoje marzenie i zobaczyć galaktykę oraz zapobiec kolejnej międzygwiezdnej katastrofie, która może doprowadzić do zniszczenia Ziemi.