Wydarzenia przedstawione w "Atlantis II" rozpoczynają się w 1043 roku, kiedy na niebie zaczyna świecić pewna niezwykła gwiazda. Jako chłopiec o imieniu Ten, prawnuk głównego bohatera poprzedniej części gry, odbywamy 3 podróże w czasie i przestrzeni. Udamy się do Irlandii, Jukatanu i Chin, gdzie wcielimy się w 3 różne postacie. Skompletujemy niezbędne przedmioty, aby ostatecznie dostać się do wnętrza Shambhali i rozwiązać kwestię związaną z pojawieniem się tajemniczej gwiazdy.