W drugiej części "Darkness Within: The Dark Lineage", gracz ponownie wciela się w rolę detektywa Howarda Loreida, który doświadczył paranormalnych wydarzeń w pierwszej części - "In Pursuit of Loath Nolder". Teraz, Howard odkrywa, że jego przeszłość jest mocno powiązana z szaleństwem, które go pochłonęło.

"Dark Lineage" rozpoczyna się w miejscu, gdzie kończyła się poprzednia część. "Rzeczy" z przeszłości, wciąż żyją, a wszystkie wspomnienia, które powinny być dawno zapomniane nadal istnieją. Dark Lineage jest jeszcze bardziej przerażający i mocniejszy od poprzedniej części więc przygotuj się na zapadający mrok.