Organizacja Cerberus zaatakowała ludzką kolonią na planecie Eden Prime. Siły Przymierza są zbyt zajęte walką z Żniwiarzami by udzielić im pomocy. Informatorzy donoszą również, że Cerberus przybył na planetę w celu zdobycia proteańskiego artefaktu i udało im się go odnaleźć. Teraz Shepard musi zinfiltrować kolonie i odzyskać cenny przedmiot.

Ponadto dodatek ''Z prochów'' zawiera nowego członka drużyny – Javika, ostatniego żyjącego Proteanina.