Gracz kontroluje kapitana, który dowodzi hordą 100 roślinopodobnych stworzeń zwanych Pikminami. Wykorzystuje swoje unikalne zdolności do eksploracji świata, walki z wrogami, rozwiązywania zagadek i gromadzenia skarbów. Pikmin może zostać skierowany do wykonywania różnych zadań, takich jak np. budowa mostów, niszczenie barier, zbieranie łupów i pokonywanie wrogów.