Pod koniec XVII w. młody chłopiec ze Szkocji ucieka wraz z rodziną przed trapiącym kraj głodem na pokładzie statku podążającego ku Nowemu Światowi. W pobliżu Jamajki na okręt napadają bezlitośni piraci. Jedynym ocalałym z napadu jest chłopiec - Christopher Raven. W walce stracił lewą dłoń, ale po latach, na drodze do zemsty, utracić może i własną duszę. Gra rozpoczyna się z chwilą, w której Christopher wyrusza, aby odnaleźć i zabić tych, którzy wymordowali jego rodzinę.

Wydarzenia nie toczą się w konkretnym roku. Fakt i fikcja przeplatają się ze sobą w fabule, w której umieszczono autentyczne postaci i zdarzenia historyczne. Fabuła podzielona jest na podrozdziały, w których Christopher podąża śladami pirata znanego jako Neville Scranton, którego wini za dowodzenie atakiem na statek - jak również odnajduje wszystkich pozostałych piratów, którzy wzięli udział w masakrze jego ukochanej rodziny.