Wraz z wydaniem rozkazu 66 Imperium rozpoczyna eksterminację wszystkich Jedi. Jako zbiegły Padawan Jedi walczysz o przetrwanie, zgłębiając sekrety dawno wymarłej cywilizacji w nadziei na odbudowę Zakonu Jedi. Po uratowaniu się przed czystką Jedi stajesz przed zadaniem odbudowy upadłego zakonu. Przyjdzie ci poskładać kawałki swojej obróconej wniwecz przeszłości i ukończyć szkolenie Jedi, pozostając zarazem o krok przed Imperium i jego zabójczymi inkwizytorami.