Fabuła "The Godfather" koncentruje się wokół wszystkich filmów trylogii. Poziomy gry odzwierciedlają lokalizacje, które były widoczne w filmach: ulice Nowego Jorku, Miami oraz miasteczka Corleone na Sycylii. 
Rozgrywkę rozpoczynamy jako szeregowy gangster od eliminowania członków wrogich klanów przestępczych, by w kolejnych etapach awansować i mieć do zlikwidowania coraz ważniejsze persony. Celem ostatecznym gry jest przejęcie całej organizacji przestępczej.