"Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter 2" kontynuuje wydarzenia z pierwszej części gry i powierza graczowi zadanie kierowania elitarną jednostką armii amerykańskiej - Ghosts. W roku 2014 narastający konflikt pomiędzy meksykańskimi lojalistami, a siłami buntowników wpędził Meksyk w wojnę domową. Ghosts, dowodzeni przez kapitana Scotta Mitchella zostają wezwani, aby zapobiec coraz większemu zagrożeniu dla USA. Los dwóch krajów leży teraz w rękach "duchów", które muszą odeprzeć pierwszy atak na amerykańską ziemię. Wyposażeni w najnowszą broń i zdobycze technologiczne, Ghosts muszą walczyć po obu stronach granicy, aby zneutralizować zagrożenie ze strony rebeliantów.