Cóż... Sekcja 9 szuka cyberhackera odpowiedzialnego za hackowanie duchów, zwanego Władcą Marionetek. Akcje poszukiwawcze i cała fabuła do momentu jego odnalezienia chyba jest jasno przedstawiona, więc przejdę do momentu, w którym owy Władca jest już w posiadaniu Sekcji 9. W tym momencie zjawiają się przedstawiciele Sekcji 6, którzy oznajmiają, że ciało, w którym jest Władca Marionetek, to specjalnie przygotowana przez nich pułapka hackera odpowiedzialnego za ghost-hacking. Sekcja 6 oznajmia, że to ich własność i chce z powrotem dostać owe ciało. Władca Marionetek oznajmia jednak, że nie jest hackerem, lecz duchem/duszą zrodzoną z morza informacji. Sekcja 9 odkrywa, że to wszystko ma związek z tajemniczym Projektem 2501 będącym własnością Sekcji 6 i prawdopodobnie również Ministerstwem Spraw Zagranicznych. Sekcja 6 przeprowadza akcje dywersyjną na Sekcji 9 i wykrada Władcę.
I tu zaczyna się pościg - Sekcja 9 podąża za samochodem, który prawdopodobnie ma na pokładzie Władcę. Owy samochód spotyka się z drugim i ten prawdopodobnie przejmuje ciało. Dla bezpieczeństwa jednak jedna część Sekcji 9 podąża dalej za pierwszym samochodem, gdy w między czasie Major Kusanagi podążą za drugim. Jadąc za nim dociera w końcu do opuszczonego budynku, w którym czeka na nią już pajęczy czołg - własność Sekcji 6 lub Ministerstwa Spraw Zagranicznych. Czołg ma za zadanie nie dopuścić Kusanagi do Puppet Mastera i odkrycia tajemnic Projektu 2501. Również snajperzy Sekcji 6 dostają rozkaz by zabić Kusanagi i przede wszystkim Władcę. Motoko, po wygranej walce z czołgiem, podłącza się do cybermózgu Puppet Mastera by poznać prawdę, prawdę nt. Projektu 2501 jak i odpowiedzi na pytania, które dręczyły ją przez cały film. Władca Marionetek tłumaczy jej, że został stworzony przez Sekcję 6 w celu hackowania duchów na jej potrzeby. Następnie namawia ją by stała się częścią większej całości, czyli połączyła się z nim, co równa się połączeniem z całą siecią. Tak też się staje.
Epilog ukazuje Motoko w nowym, dziecinnym ciele, gdyż poprzednie zostało zniszczone przez snajperów Sekcji 6. Oznajmia Batou, że połączyła się z Władcą Marionetek.
Tyle.

Dzięki wielkie teraz wszystko jasne ;)

Ale jednak władca marionetek żadnych specjalnych tajemnic motoko nie przekazuje - przynajmniej nie takich, których przekazania mogłoby się bać ministerstwo (sam fakt, że wykorzystywali program Master of Puppets dla własnej korzyści jest już wiadomy od rozmowy szefa sekcji 9 z pracującym dla niego hakerem)

Wiadomo o tym, a właściwie się podejrzewa, ale nie ma na to dowodów, przynajmniej nie takich bezpośrednio ich obciążających...