Ocaleli obywatele zatopionego 12 tysięcy lat temu imperium Mu, zaczynają atakować mieszkających na powierzchni ludzi chcąc raz jeszcze zawładnąć światem. Na ich drodze staje jednak łódź podwodna, Atragon, stworzona od zakończenia wojny przez zbuntowanego japońskiego kapitana i jego ludzi.