Młody poszukiwacz przygód Sam wyrusza do lasu, w którym spotyka rzadkiego pokemona Celebi. Niestety, stworek okazał się celem myśliwego który chciał go złapać. Opadnięty z sił, Celebi przenosi siebie i Sama 40 lat w przyszłość. Chłopiec i pokemon spotykają młodego trenera Asha, jego stworka Pikachu i ich przyjaciół. Zaprzyjaźniają się. Tymczasem pewien bardzo groźny łowca pokemonów dowiaduje się o przebywającym w pobliskim lesie Celebi i zamierza go złapać. Ash postanawia pomóc przyjaciołom.

Pewien chlopiec o imieniu Sam podróżuje po świecie, przebywając w lesie spotyka pokemona Celebi, który ucieka przed złym myśliwym. Opadając z sił przenosi sie do przyszłości razem z Samem, który chciał mu pomóc.
40 lat później Iron Masked Maruder dowiaduje sie o pojawieniu sie Celebi i próbuje go złapać. Ash, Sam i reszta chcą mu przeszkodzić.