Śledztwo IPN nie dało odpowiedzi na wszystkie istotne pytania, a mianowicie:
W postanowieniu stwierdzono, iż grupę co najmniej 40 osób zabito w nieustalony sposób. 30 maja 2001 r. na polecenie Ministra Sprawiedliwości Lecha Kaczyńskiego rozpoczęto czynności ekshumacyjne, jednak „zabroniono podnoszenia kości”. „Eksperci wskazali, że nakazany sposób postępowania wyklucza możliwość udzielenia odpowiedzi na szereg istotnych pytań, np. co do ilości zwłok oraz przyczyn śmierci poszczególnych ofiar”[29]. Kwestię ekshumacji konsultowano ze stroną żydowską. Rabin Warszawy i Łodzi Michael Schudrich powiedział: „Szacunek dla kości naszych ofiar jest dla nas ważniejszy niż wiedza, kto zginął i jak, kto zabił i jak”. Ostatecznie ustalono, iż celem ekshumacji ma być jedynie ustalenie liczby pomordowanych oraz weryfikacja hipotezy o istnieniu innych grobów[30]. Po otwarciu obu odnalezionych grobów oraz wizualnej ocenie szczątków ofiar w dniu 4 czerwca 2001 r. czynności ekshumacyjne przerwano, jak stwierdzono „z powodu wyczerpania możliwości badawczych”[31].
Grupa osób, której przyczyny śmierci nie ustalono, to mężczyźni, którzy w dniu zbrodni nieśli fragmenty rozbitego popiersia Lenina. Jak ustalono, osoby te zabito i wrzucono do grobu przed podpaleniem stodoły[25]. Śledztwo IPN wykluczyło fakt użycia broni palnej przy stodole w dniu pogromu[32], i potwierdziło relacje, że mężczyzn tych zabito wewnątrz stodoły, po czym pochowano w grobie razem z wrzuconym tam pomnikiem. Pojawiające się na początku śledztwa IPN sugestie o tym, że część osób zastrzelono nie uzyskały potwierdzenia[33]. Mimo to nie udało się ustalić sposobu, w jaki osoby te zostały zabite. Polacy biorący udział w zbrodni, jak ustalono, byli wyposażeni jedynie w kije, orczyki i inne proste narzędzia