Rok 2086. Na bazie głównej bohaterki, Kate Sorin, Zachodnia Konfederacja stworzyła zaawansowane cyber-klony posiadające ludzkie zachowania. Zauważyły one, że są jedynie niewolnikami ludzi. Chcąc zachować swoją autonomię klony wszczynają zamieszki a ostatecznie bunt, który pozwala uciec jednemu klonowi poza obszar działania. W celu opanowania ognisk przemocy Konfederacja stworzyła wyspecjalizowaną jednostkę CHD (Clone Hunter Division).
Klon o numerze 0258 porwał córkę Kate, która w trakcie ucieczki klona tragicznie zginęła dostając się w krzyżowy ogień. W tym momencie, Kate dołącza do CHD z jednym celem - znaleźć 0258 i pomścić śmierć swojej córki.