Szesnaście lata temu, ogromna demoniczna bestia znana jako Kyūbi została uwolniona z jego jinchūriki przez nieznanego zamaskowanego shinobi. Wioska Liścia była wówczas bliska zniszczenia przez Dziewięcioogoniastego, jednak została ocalona przez jej Hokage, Minato Namikaze oraz jego żonę Kushinę Uzumaki, która były nosicielem demona w momencie ataku. Kyūbi został ostatecznie pokonany i zapieczętowany wewnątrz ich dopiero co narodzonego syna, Naruto Uzumakiego. Jednak to przedsięwzięcie kosztowało ich życie, przez co umierają zostawiając Naruto samego, razem z niepewną przyszłością świata shinobi. Dziewięcioogoniasty nadal jest zapieczętowany w Naruto. Jednak spokój w wiosce nie trwa długo, ponieważ Pain, Konan, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Sasori, Deidara, Hidan i Kakuzu - członkowie przerażającej organizacji zwanej Akatsuki atakują Konohagakure. Naruto ledwie udaje się zorganizować kontratak, ale dlaczego Ci wszyscy shinobi pojawili się z powrotem choć umarli. Tajemnica pozostaje, zaś wszyscy shinobi są chwaleni przez swoje rodziny za zakończenie tej niebezpiecznej misji. Jednak jeden z nich, który nigdy nie widział twarzy swoich rodziców, Naruto, czuje się samotny. W tym dokładnie w momencie, nagle, zamaskowany mężczyzna pojawia się w Konosze. Zarówno Naruto, jak i Sakura zostają zaatakowani przez nowe potężne genjutsu tajemniczego człowieka.