Katolicka szkoła na Bronxie w 1964 roku. Charyzmatyczny ksiądz Flynn usiłuje złagodzić panujące w szkole obyczaje. Robi to wbrew kierującej szkołą zakonnicy – siostrze Aloysius Beauvier, która wierzy jedynie w surową dyscyplinę. Kiedy do szkoły zostaje przyjęty pierwszy czarnoskóry uczeń, a jedna z sióstr zauważa, że ojciec Flynn poświęca mu więcej uwagi niż innym dzieciom, siostra Beauvier rozpoczyna prawdziwą krucjatę, która ma na celu usunięcie księdza ze szkoły. Bez żadnych dowodów, jedynie polegając na własnym przeczuciu, zakonnica podejmuje walkę. Czy ma rację? Czy wolno jej na podstawie niejasnych odczuć oskarżać drugiego człowieka? Czy poznamy w końcu prawdę?

W katolickiej szkole St. Nicholas w nowojorskim Bronxie, charyzmatyczny ksiądz, ojciec Brendan Flynn (Philip Seymour Hoffman) próbuje rozluźnić rygorystyczne obyczaje, na których straży od dawna stoi siostra Aloysius Beauvier (Meryl Streep), dyrektor prowadząca placówkę żelazną ręką i wierząca w siłę strachu oraz dyscyplinę. Jest rok 1964. Przez Amerykę właśnie przetacza się fala politycznych zmian wywołanych napięciami rasowymi. Szkoła wpada w ich wir i przyjmuje w swoje szeregi pierwszego czarnoskórego ucznia, Donalda Millera (Joseph Foster). Jednak kiedy pełna nadziei i niewinna siostra James (Amy Adams) dzieli się z przełożoną podejrzeniami dotyczącymi ojca Flynna, wskazującymi na jego nadmierne osobiste zainteresowanie nowym uczniem, siostra Aloysius podejmuje prywatną krucjatę w celu odkrycia prawdy i wydalenia podejrzanego kapłana ze szkoły. Bez jakichkolwiek twardych dowodów, poza własną, moralną pewnością, wdaje się w psychologiczną potyczkę z księdzem, który staje się zagrożeniem dla tradycji lokalnej społeczności.

Rok 1964, Bronx. Ksiądz Brendan Flynn (Philip Seymour Hoffman) uczy w katolickiej szkole. Kiedy zostaje do niej przyjęty czarnoskóry uczeń Donald, ksiądz zaczyna się nim bardzo interesować. Początkowo wydaje się to być uwarunkowane troską duchownego, który chce, aby chłopak zaaklimatyzował się wśród białych kolegów. Siostra Aloysius Beauvier (Meryl Streep) ma co do tego wątpliwości i podejrzewa księdza o pedofilię. Jednak na potwierdzenie swoich domysłów nie ma żadnych dowodów, co każe jej rozpocząć psychologiczną potyczkę z podejrzanym księdzem.

Siostra Aloysius Beauvier (Meryl Streep) jest dyrektorką katolickiej szkoły St. Nicholas. Pewnego dnia przychodzi do niej młoda siostra James (Amy Adams), informując o swoich podejrzeniach. Uważa ona, że relacje nowego czarnoskórego ucznia (pierwszego w historii szkoły), Donalda Millera (Joseph Foster) z ojcem Brendanem Flynnem (Philip Seymour Hoffman) są niepokojące. Siostra Beauvier natychmiast zaczyna działać - wzywa księdza na rozmowę, prowokując do wyznań w obecności świadka. Jednak ojciec czuje się urażony. Wkrótce przekonuje siostrę James do swojej niewinności. Jednak dyrektorka nie poddaje się. Opierając się na własnej pewności, walczy, by usunąć księdza Flynna ze szkoły i parafii.

Rok 1964, jedna z katolickich szkół na nowojorskim Bronksie. Placówką kieruje surowa siostra Aloysius, która uważa, że tylko dzięki dyscyplinie i żelaznym zasadom można wychować młodych ludzi na dobrych obywateli. Innego zdania jest dobroduszny ksiądz Brendan. Stara się on utrzymywać przyjazne stosunki ze swoimi uczniami. Pełna podejrzeń zakonnica bacznie obserwuje każdy krok księdza i kiedy tylko nadarza się okazja, oskarża go o molestowanie nowo przyjętego ucznia. Duchowny tłumaczy, że okazywał chłopcu szczególną troskę, ponieważ jest on jedynym czarnoskórym w szkole. Mimo braku jednoznacznych dowodów, Aloysius za wszelką cenę próbuje usunąć ojca Brendana ze szkoły.

Rok 1964, katolicka szkoła w Bronksie. Placówką zarządza wyjątkowo niesympatyczna i surowa siostra Aloysius (Meryl Streep), która uważa, że tylko dzięki dyscyplinie i żelaznym zasadom można wychować młodych ludzi na dobrych obywateli. Innego zdania jest dobroduszny ksiądz Brendan (Philip Seymour Hoffman), który z wychowankami stara się utrzymywać przyjacielskie stosunki. Pełna podejrzeń Aloysius bacznie przygląda się tolerancyjnemu księdzu i przy pierwszej sprzyjającej okazji oskarża go o rzekome kontakty seksualne z nowo przyjętym uczniem. Mimo braku jakichkolwiek dowodów zakonnica za wszelką cenę próbuje usunąć ojca Brendana ze szkoły.