Ojciec Flynn rodzi się lub staje (chodzi o to, że on nie ma na to wpływu) pedofilem. Kiedy dorasta zdaje sobie sprawę ze swoich skłonności seksualnych. Nie umie patrzeć na ludzkość w skali makro, zakłada że świat jest sprawiedliwy (a nie, że po prostu jest) i wstępuje do zakonu by odkryć tę "sprawiedliwość". Przy okazji znajduje wsparcie w Bogu (bo u kogo innego?). Niestety lata studiów, zadumy, modlitw i uniesień nad świetnością Boga nie mają znaczenia, gdy ma się okazję do zbliżenia z obiektem pożądania i popęd bierze górę nad rozumem.

Myślę, że właśnie takie sytuacje miały miejsce w poprzednich parafiach, ale myślę też że do niczego konkretnego nigdy nie doszło. Po prostu ksiądz miał "nieczyste" myśli podczas rozmów z dziećmi albo niektórym poświęcał dużo czasu. Dla niego to co przeżywał podczas rozmów było substytutem, bo nikomu nie działa się krzywda a on dostawał w małej dawce to co niby każdemu “należy się od życia” – zaspokojenia potrzeb. Tylko, że to zostało zwyczajnie zinterpretowane jako pedofilia i plotki się rozeszły.

Gdy siostra wspomina o telefonie, on wie że przegrał i nie jest w stanie się wybronić. Jest świadomy tego, że obiektywnie jest to jego słowo przeciwko plotkom, czyli obiektywnie on wygrywa, ale on staje przed sądem ludzkim a on jest tak naprawdę subiektywny. To ludzie wydając sąd zdegradowaliby jego słowa (prawdę) do poziomu plotki (domysłów i przeinaczeń) i uczyniliby z nich obu równoważne opinie. Kiedy mówił kazanie o plotkowaniu miał na myśli 1. to co robi siostra 2. swoją przeszłość. Stąd jego reakcja na rzekomy telefon do poprzednich parafii.

Myślę, że mógł zwierzyć się ze swojego problemu przełożonym:
“i ja cokolwiek złego uczyniłem powierzyłem uzdrawiającym dłoniom swojego spowiednika”
spowiednika w sensie przełożonego który (może z autopsji?) go rozumiał i dlatego go przenosił z parafii na parafię. To “cokolwiek złego” to wymuszone spotkania na których do czegoś dochodziło jedynie w umyśle księdza. Na pytanie czy podał chłopcu wino odpowiada że nie, co de facto nie ma nic do rzeczy. Nie sądzi się go za samą czynność (nawet jeśli to niedozwolone w Kościele) bo nikt nie robiłby aż takiej awantury dlatego że dorosły dał “łyka” wina dziecku, ale ocenia się tę sytuacje pod kątem bycia pedofilem, więc mógł w ten sposób chcieć np. uwieść dziecko.
Widać więc, że to ksiądz jest tutaj najbardziej pokrzywdzony i to przez "los". Jak każdy bohater tragiczny próbował się ratować. Kazaniem o plotkach chciał by siostra odwołała wyścig między nim a nią, wiedząc że jeśli do niego dojdzie to on nie ma szans. Broni się hierarchią w Kościele (co jak wiadomo nie jest dowodem na prawdziwość czegokolwiek, ale może powstrzymać siostre od dalszych działań), bo ma do tego prawo, jako że startuje w nierównej walce.
Przenosząc się symbolicznie “przyznaje” się do winy, ale jest to kłamstwo. On po prostu nie ma zamiaru “umierać za prawdę”, cierpieć w świecie w którym nie ma szansy na udowodnienie swojej niewinności. Nawet próba wytłumaczenia zakonnicy jak jest naprawde nie powiodłaby się, bo jest ona bezwzględna i chce go zniszczyć choćby za jego poglądy, kostki cukru itd.

Tytułowa wątpliwość bierze się stąd, że po zakończeniu sprawy, analizując całe zajście siostra Aloysius widzi, że ksiądz Flynn postępował tak jak ktoś niesłusznie oskarżany, wierzący w swą niewinność. Istotnie Flynn, będąc pedofilem był przecież oskarżany o stosunki z dziećmi z poprzednich parafii i uwodzenie 2 chłopaków z parafii obecnej, a do takich czynów nie doszło więc był niewinny i tak się zachowywał.