I dlaczego Thomas sobie przypomniał że to przez niego zostali tam uwięzieni? Czym się wyróżniał spośród reszty?

Upozorowała to, żeby wstrząsnąć Streferami oraz aby "ratunek" wyglądał bardziej wiarygodnie :)
Thomasowi wróciła pamięć przez serum, które dostał po użądleniu po przez Buldożerce (w filmie dozorce) i każdy odzyskiwał fragmenty wspomnień :)
W książce Thomas wyróżniał się tym, że potrafił się komunikować z Teresą telepatycznie i to właśnie dlatego był cenny dla twórców Labiryntu :)

Ale czemu bylo powiedziane że to przez niego zostali uwięzieni? Co on miał wspólnego z tym że ich tam zamknęli?

On był współtwórcą Labiryntu. Z tego co było powiedziane w książce był mocno zaangażowany w ten projekt. Prawdopodobnie wybrali go z powodu jego zdolności telepatycznych jak również przez to, że był bardzo inteligentny. Thomas zanim trafił do Strefy wierzył w ideę Labiryntu (później się to drastycznie zmieniło) podejrzewam, że miało na to wpływ to, że jako małe dziecko został zabrany i umieszczony w jednostce, która odpowiadała za Labirynt i po prostu zrobili mu pranie mózgu, a jak zobaczył co to znaczy życie w Strefie nie mógł uwierzyć, że kiedykolwiek uważał, że jest to słuszne.
W książce nie było powiedziane, czemu tak naprawdę go wybrali, to są tylko moje przypuszczenia :)