April O'Neal (Paige Turco) nieopatrznie zakupiła, zupełnie nieszkodliwą jak się jej zdawało, pamiątkę z Japonii. Lecz kiedy niechcący uwolniła magiczne moce zamknięte w starodawnym berle zostaje przeniesiona o 400 lat w czasie, do siedemnastowiecznej Japonii, rządzonej przez bezwzględnego cesarza i wierną mu świtę wojowników. Leonrdo, Raphael, Donatello i Michaelangelo mogą przenieść się w przeszłość, pokonać zastępy samurajów, uratować April z rąk oprawców i wrócić do domu na czas póki pizza jeszcze nie ostygła!